Annotator®, Base de données du Programme "Cartes d’Identité des Tumeurs (CIT)® " Annotator® Annotator® "Tumor Identity Cards (CIT)®" Database PEF8214 Portail Épidémiologie-France Portail Épidémiologie-France | Health Databases Portail Épidémiologie-France 2026 04/04/2026 https://epidemiologie-france.aviesan.fr/ Portail Épidémiologie-France Portail Epidemiologie-France Fabien Petel 27/02/2014 12/03/2014 13/03/2014 2 2 Fabien Petel Annotator® - Annotator®, Base de données du Programme "Cartes d’Identité des Tumeurs (CIT)® " Annotator® - "Tumor Identity Cards (CIT)®" Database Annotator®, Base de données du Programme "Cartes d’Identité des Tumeurs (CIT)® " Annotator® Annotator® "Tumor Identity Cards (CIT)®" Database Mira Ayadi Aurélien De Reyniès Fabien Petel Plus de 80 projets de recherche ont été menés dans le cadre du programme CIT, sur plus de 20 types de cancer différents, et ont conduit à de nombreuses publications dans des revues internationales. More than 80 projects have been performed as part of the CIT programme over 20 different cancer types; more than 100 publications in international journals. The CIT Programme has created a national network of clinicians, researchers and institutions Ligue Nationale contre le Cancer (French League against Cancer) CIT / Recherche - Ligue Nationale Contre le Cancer - 14 rue Corvisart CIT / Recherche - Ligue Nationale Contre le Cancer - CIT / Recherche - Ligue Nationale Contre le Cancer - 14 rue Corvisart, 75013 Paris, France CIT est un programme national de génomique des cancers, initié, financé et géré par la Ligue Nationale Contre le Cancer depuis 2000 CIT is a national cancer genomics programme that is established, funded and managed by the French National League Against Cancer since 2000. Ligue Nationale Contre le Cancer Ligue Nationale Contre le Cancer Ligue Nationale Contre le Cancer Mira Ayadi Aurélien De Reyniès Fabien Petel Fabien Petel 27/02/2014 12/03/2014 13/03/2014 12/03/2014 2 2 Fabien Petel CNIL Accord CNIL - No 1381614 CNIL approval - no. 1381614 Ligue Nationale contre le Cancer; altérations génome réarrangements chromosomiques expression des gènes microARNs patterns de méthylation exons cellules cancéreuses médecine personnalisée mutations genome methylation patterns French National League Against Cancer alterations chromosomal rearrangement gene expression microRNA cancer cells personalised medicine exons Biologie Cancérologie Immunologie Biology Cancer research Immunology Addictions et toxicomanie Génétique Géographie Mode de vie et comportements Produits de santé Travail Addictions Genetic Geography Lifestyle and behavior Medicine Occupation Objectif de la base de données : Caractériser de façon exhaustive et combinée les altérations du génome à l’origine des cancers (mutations et réarrangements chromosomiques, expression des gènes et des microARNs, patterns de méthylation, variations des exons, etc.) CIT développe ainsi une vision intégrée du fonctionnement des cellules cancéreuses, et ces travaux constituent la base d’une médecine personnalisée, adaptée aux caractéristiques génomiques de chaque tumeur. Database objective : To comprehensively characterise and integrate cellular signals and associate them with patient history and treatments. Biological events can be genome alterations, mutations, chromosomal rearrangements, gene and miRNA expressions, methylation patterns, exon variations, etc.. As such, CIT is developing an integrated view of how cancer cells develop and function. This work forms the basis of personalised medicine that is adapted to the genomic characteristics of each tumour. CIT may then identify molecular signatures of patients who are more likely to respond well to a treatment, or whose cancer is deemed more aggressive, therefore helping MDs to choose the best treatment and care. 2000 2014 Collecte des données active Current data collection France France France mainly; some european cohorts National individuel individuals Les critères d’inclusion sont spécifiques à chaque projet accepté dans le Programme CIT, et dépendent des questions biologiques et cliniques des porteurs de projet associés. Les études peuvent concerner des patients suivis en milieu hospitalier, ou des patients déjà inclus dans un essai clinique prospectif. Le consentement éclairé des patients a été obtenu auparavant. Les pathologies étudiées sont soit des tumeurs pédiatriques, soit des cancers de l’adulte, et peuvent concerner aussi bien des tumeurs solides que des hémopathies malignes ou des lymphomes. L’accès aux données est sécurisé, et restreint pour chaque projet aux investigateurs concernés. Inclusion criteria depends on each cancer-specific project inside the CIT Programme, and relate to the biological and clinical questions raised by the PIs. Studies may involve patient monitoring within a hospital setting, or patients previously included in a prospective clinical study. Informed patient consent is obtained beforehand. Studied diseases may be paediatric tumours or adult cancers, and may apply to solid tumours or hematologic malignancies or lymphoma. Secure data access is restricted to the researchers involved in the Programme. Nombre d'individus : Fin 2013, la base de données ‘Annotator’ du Programme CIT contenait les informations histologiques, cliniques, biologiques de 11000 échantillons tumoraux (patients anonymisés), tous types de cancer confondus, et 18000 expériences haut-débit avaient été réalisées. Number of individuals: Mid-2015, the CIT programme's database was containing histological, clinical and biological information from 13,000 anonymized patients, all types of cancer included, and 19,000 'omics' experiments (SNP/Expression/miRNA/Exon/Methylation; microarray or NGS). Recrutement via une sélection de services ou établissements de santé Recruiting through a selection of health institutions and services sur la base Prise de produit(s) de santé sur la base Autre traitement ou procédure based on Medication(s) taken based on Another treatment or procedure Nouveau-nés (naissance à 28j) Nourrissons (28j à 2 ans) Petite enfance (2 à 5 ans) Enfance (6 à 13 ans) Adolescence (13 à 18 ans) Adulte (19 à 24 ans) Adulte (25 à 44 ans) Adulte (45 à 64 ans) Personnes âgées (65 à 79 ans) Grand âge (80 ans et plus) Newborns (birth to 28 days) Infant (28 days to 2 years) Early childhood (2 to 5 years) Childhood (6 to 13 years) Adolescence (13 to 18 years) Adulthood (19 to 24 years) Adulthood (25 to 44 years) Adulthood (45 to 64 years) Elderly (65 to 79 years) Great age (80 years and more) Sujets malades Sick population Masculin Féminin Male Female Bases de données issues d’enquêtes Study databases Etudes longitudinales (hors cohortes) Longitudinal study (except cohorts) Données cliniques : -- Données paracliniques : expression de protéines; identification de mutations de génes (ABCB1, AKT1, APC, BCL2, BRAF, BRCA1/2, CCND1, CDKN2A, CTNNB1, EGFR, ERBB2, etc), de translocations connues (1p/19q) ou d'altérations (perte allélique basée des microsatellites, etc) Données biologiques : présence d'adénomes. Morphologie cellulaire, différenciation, fibroses, mitoses, nécroses. Pourcentage de cellules tumorales. Hyperplasie. AFP. Albumine. ALP. B2 microglobuline. Bilirubine. CEA. LDH. Metanephrine. PSA. Taux de sédimentation. Creatinine. Leucocytes. Clinical data: diagnosis, stage, grade, pathological conditions, side-effects Paraclinical data: Protein expression; gene mutation identification (ABCB1, AKT1, APC, BCL2, BRAF, BRCA1 / 2, CCND1, CDKN2A, CTNNB1, EGFR, ERBB2, etc.), known translocations (1p/19q) or alterations (microsatellite allelic loss, etc.). Biological data: Presence of adenomas. Cellular morphology, differentiation, fibrosis, mitosis and necrosis. Percentage of tumour cells. Hyperplasia. AFP. Albumin. ALP. B2 microglobulin. Bilirubin. CEA. LDH. Metanephrine. PSA. Sedimentation rate. WBC. Sang total Cellules sanguines isolées Tissus Lignées cellulaires ADN ADNc/ARNm Autres Whole blood Blood cells isolated Tissues Cell lines DNA DNAc/RNAm Others Echantillons tumoraux Tumour samples. Evénements de santé/morbidité Evénements de santé/mortalité Autres Health event/morbidity Health event/mortality Others relapse, metastasis, second cancer ICD Quality methods used: external ontologies and internal semi-structured vocabulary Existence d'un comité scientifique ou de pilotage Existence of a sterring or scientific comittee Time Series Mira Ayadi Aurélien De Reyniès Fabien Petel Le programme CIT s’appuie sur un réseau national de chercheurs et cliniciens, en lien avec des plateformes technologiques. The CIT programme relies on a national network of researchers and clinicians, and on a set of technological platforms (molecular biology 'omics'). Dossier clinique : -- Direct physical measures: diagnosis, stage, grade, pathological conditions, side-effects Données paracliniques : expression de protéines; identification de mutations de génes (ABCB1, AKT1, APC, BCL2, BRAF, BRCA1/2, CCND1, CDKN2A, CTNNB1, EGFR, ERBB2, etc), de translocations connues (1p/19q) ou d'altérations (perte allélique basée des microsatellites, etc) Paraclinical data : Protein expression; gene mutation identification (ABCB1, AKT1, APC, BCL2, BRAF, BRCA1 / 2, CCND1, CDKN2A, CTNNB1, EGFR, ERBB2, etc.), known translocations (1p/19q) or alterations (microsatellite allelic loss, etc.). présence d'adénomes. Morphologie cellulaire, différenciation, fibroses, mitoses, nécroses. Pourcentage de cellules tumorales. Hyperplasie. AFP. Albumine. ALP. B2 microglobuline. Bilirubine. CEA. LDH. Metanephrine. PSA. Taux de sédimentation. Creatinine. Leucocytes. Presence of adenomas. Cellular morphology, differentiation, fibrosis, mitosis and necrosis. Percentage of tumour cells. Hyperplasia. AFP. Albumin. ALP. B2 microglobulin. Bilirubin. CEA. LDH. Metanephrine. PSA. Sedimentation rate. WBC. L’accès aux données est sécurisé, et restreint pour chaque projet aux investigateurs concernés. Secure data access is restricted to the researchers involved in the CIT Programme L’accès aux données est sécurisé, et restreint pour chaque projet aux investigateurs concernés. Secure data access is restricted to the researchers involved in the CIT Programme L’accès aux données est sécurisé, et restreint pour chaque projet aux investigateurs concernés. Secure data access is restricted to the researchers involved in the CIT Programme http://cit.ligue-cancer.net/ http://cit.ligue-cancer.net/|Official Public Site of the CIT Programme http://cit.ligue-cancer.net/?page_id=59 http://cit.ligue-cancer.net/?page_id=59