82142227/02/201412/03/2014DraftValidated13/03/201412/03/2014Fabien Petelhttp://epidemiologie-france.aviesan.fr/content/view/full/84015http://epidemiologie-france.aviesan.fr/content/view/full/87535http://epidemiologie-france.aviesan.fr/ccontent/xml/(NodeId)/84015Annotator®, Base de données du Programme "Cartes d’Identité des Tumeurs (CIT)® ""Tumor Identity Cards (CIT)®" DatabaseAnnotator®Annotator®Accord CNIL - No 1381614CNIL approval - no. 1381614BiologieCancérologieImmunologieBiologyCancer researchImmunologyAddictions et toxicomanieGénétiqueGéographieMode de vie et comportementsProduits de santéTravailAddictionsGeneticGeographyLifestyle and behaviorMedicineOccupationcancersLigue Nationale contre le Cancer; altérationsgénomeréarrangements chromosomiquesexpression des gènesmicroARNspatterns de méthylationexonscellules cancéreusesmédecine personnaliséemutationsgenomemethylation patternsFrench National League Against Canceralterationschromosomal rearrangementgene expressionmicroRNAcancer cellspersonalised medicineexonsAyadiMira14 rue Corvisart01 53 55 24 00Mira.Ayadi@ligue-cancer.netCIT / Recherche Ligue Nationale Contre le CancerDe ReynièsAurélien 01 53 55 24 00CIT / Recherche Ligue Nationale Contre le CancerPetelFabien14 rue Corvisart, 75013 Paris, France01 53 55 24 00Fabien.Petel@ligue-cancer.netCIT / Recherche Ligue Nationale Contre le CancerAyadiMira14 rue Corvisart01 53 55 24 00Mira.Ayadi@ligue-cancer.netCIT / Recherche Ligue Nationale Contre le CancerDe ReynièsAurélien 01 53 55 24 00CIT / Recherche Ligue Nationale Contre le CancerPetelFabien14 rue Corvisart, 75013 Paris, France01 53 55 24 00Fabien.Petel@ligue-cancer.netCIT / Recherche Ligue Nationale Contre le CancerOuiYesPlus de 80 projets de recherche ont été menés dans le cadre du programme CIT, sur plus de 20 types de cancer différents, et ont conduit à de nombreuses publications dans des revues internationales.More than 80 projects have been performed as part of the CIT programme over 20 different cancer types; more than 100 publications in international journals.The CIT Programme has created a national network of clinicians, researchers and institutionsPrivéPrivateCIT est un programme national de génomique des cancers, initié, financé et géré par la Ligue Nationale Contre le Cancer depuis 2000CIT is a national cancer genomics programme that is established, funded and managed by the French National League Against Cancer since 2000.Ligue Nationale contre le Cancer (French League against Cancer)Secteur PrivéLigue Nationale contre le Cancer (French League against Cancer)Secteur PrivéOuiYesBases de données issues d’enquêtesStudy databasesEtudes longitudinales (hors cohortes)Longitudinal study (except cohorts)Via une sélection de services ou établissements de santéA selection of health institutions and servicesPrise de produit(s) de santéAutre traitement ou procédureMedication(s) takenAnother treatment or procedureNonNoLe programme CIT s’appuie sur un réseau national de chercheurs et cliniciens, en lien avec des plateformes technologiques.The CIT programme relies on a national network of researchers and clinicians, and on a set of technological platforms (molecular biology 'omics').Caractériser de façon exhaustive et combinée les altérations du génome à l’origine des cancers (mutations et réarrangements chromosomiques, expression des gènes et des microARNs, patterns de méthylation, variations des exons, etc.) CIT développe ainsi une vision intégrée du fonctionnement des cellules cancéreuses, et ces travaux constituent la base d’une médecine personnalisée, adaptée aux caractéristiques génomiques de chaque tumeur.To comprehensively characterise and integrate cellular signals and associate them with patient history and treatments. Biological events can be genome alterations, mutations, chromosomal rearrangements, gene and miRNA expressions, methylation patterns, exon variations, etc.. As such, CIT is developing an integrated view of how cancer cells develop and function. This work forms the basis of personalised medicine that is adapted to the genomic characteristics of each tumour. CIT may then identify molecular signatures of patients who are more likely to respond well to a treatment, or whose cancer is deemed more aggressive, therefore helping MDs to choose the best treatment and care.Les critères d’inclusion sont spécifiques à chaque projet accepté dans le Programme CIT, et dépendent des questions biologiques et cliniques des porteurs de projet associés. Les études peuvent concerner des patients suivis en milieu hospitalier, ou des patients déjà inclus dans un essai clinique prospectif. Le consentement éclairé des patients a été obtenu auparavant. Les pathologies étudiées sont soit des tumeurs pédiatriques, soit des cancers de l’adulte, et peuvent concerner aussi bien des tumeurs solides que des hémopathies malignes ou des lymphomes. L’accès aux données est sécurisé, et restreint pour chaque projet aux investigateurs concernés.Inclusion criteria depends on each cancer-specific project inside the CIT Programme, and relate to the biological and clinical questions raised by the PIs. Studies may involve patient monitoring within a hospital setting, or patients previously included in a prospective clinical study. Informed patient consent is obtained beforehand. Studied diseases may be paediatric tumours or adult cancers, and may apply to solid tumours or hematologic malignancies or lymphoma. Secure data access is restricted to the researchers involved in the Programme.Nouveau-nés (naissance à 28j)Nourrissons (28j à 2 ans)Petite enfance (2 à 5 ans)Enfance (6 à 13 ans)Adolescence (13 à 18 ans)Adulte (19 à 24 ans)Adulte (25 à 44 ans)Adulte (45 à 64 ans)Personnes âgées (65 à 79 ans)Grand âge (80 ans et plus)Newborns (birth to 28 days)Infant (28 days to 2 years)Early childhood (2 to 5 years)Childhood (6 to 13 years)Adolescence (13 to 18 years)Adulthood (19 to 24 years)Adulthood (25 to 44 years)Adulthood (45 to 64 years)Elderly (65 to 79 years)Great age (80 years and more)Sujets maladesSick populationMasculinFémininMaleWomanNationalNationalFranceFrance mainly; some european cohorts2000200020142015[10 000-20 000[ individus[10 000-20 000[ individualsFin 2013, la base de données ‘Annotator’ du Programme CIT contenait les informations histologiques, cliniques, biologiques de 11000 échantillons tumoraux (patients anonymisés), tous types de cancer confondus, et 18000 expériences haut-débit avaient été réalisées.Mid-2015, the CIT programme's database was containing histological, clinical and biological information from 13,000 anonymized patients, all types of cancer included, and 19,000 'omics' experiments (SNP/Expression/miRNA/Exon/Methylation; microarray or NGS).Collecte des données activeCurrent data collectionDonnées cliniquesDonnées paracliniquesDonnées biologiquesClinical dataParaclinical dataBiological dataDossier cliniqueDirect physical measures--diagnosis, stage, grade, pathological conditions, side-effectsexpression de protéines; identification de mutations de génes (ABCB1, AKT1, APC, BCL2, BRAF, BRCA1/2, CCND1, CDKN2A, CTNNB1, EGFR, ERBB2, etc), de translocations connues (1p/19q) ou d'altérations (perte allélique basée des microsatellites, etc)Protein expression; gene mutation identification (ABCB1, AKT1, APC, BCL2, BRAF, BRCA1 / 2, CCND1, CDKN2A, CTNNB1, EGFR, ERBB2, etc.), known translocations (1p/19q) or alterations (microsatellite allelic loss, etc.).présence d'adénomes. Morphologie cellulaire, différenciation, fibroses, mitoses, nécroses. Pourcentage de cellules tumorales. Hyperplasie. AFP. Albumine. ALP. B2 microglobuline. Bilirubine. CEA. LDH. Metanephrine. PSA. Taux de sédimentation. Creatinine. Leucocytes.Presence of adenomas. Cellular morphology, differentiation, fibrosis, mitosis and necrosis. Percentage of tumour cells. Hyperplasia. AFP. Albumin. ALP. B2 microglobulin. Bilirubin. CEA. LDH. Metanephrine. PSA. Sedimentation rate. WBC.OuiYesSang totalCellules sanguines isoléesTissusLignées cellulairesADNADNc/ARNmAutresWhole bloodBlood cells isolatedTissuesCell linesDNADNAc/RNAmOthersEchantillons tumorauxTumour samples.Evénements de santé/morbiditéEvénements de santé/mortalitéAutresHealth event/morbidityHealth event/mortalityOthersrelapse, metastasis, second cancerICDexternal ontologies and internal semi-structured vocabularyOuiYesNonNohttp://cit.ligue-cancer.net/?page_id=59http://cit.ligue-cancer.net/?page_id=59List of publicationshttp://cit.ligue-cancer.net/http://cit.ligue-cancer.net/|Official Public Site of the CIT ProgrammeOuiYesL’accès aux données est sécurisé, et restreint pour chaque projet aux investigateurs concernés.Secure data access is restricted to the researchers involved in the CIT ProgrammeAccès restreint sur projet spécifiqueAccess on specific project onlyAccès restreint sur projet spécifiqueAccess on specific project only